И так, как все мы знаем, ведьма Медуза совершила нападение на Академию имени Шинигами-сама, чтобы разбудить Кишина, запечатанного под ней. Предприятие увенчалось успехом, однако в бою с профессором Штейном и Косой Смерти Спиритом, Медуза была убита. Разделив свою душу на сотни частей, она смогла переродиться, но это будет позже. В данный момент Академия и Город Смерти переживают последствия нападения. Шинигами-сама приказывает созвать всех предыдущих кос смерти для укрепления Академии.
Между тем проблем становится все больше и больше, просыпается старшая сестра Медузы, Арахна, и конечно же тоже мечтает отомстить Шинигами.
А еще один за другим начинает, появляется наследие ученого-еретика Эйбола, которое Арахна очень хочет заполучить себе.
Академия в свою очередь не может допустить чтобы эти артифакты попали не в те руки.
Таким образом, в конце концов, мы имеет:
1. Шинигами-сама, который дает задание всем не занятым Повелителям (соответственно и напарникам) начать поиски “Адских Машин” профессора Эйбола и не дать подчиненным Арахны добраться до них первыми.
2. Материализовавшуюся во взрослую Медузу, тоже не желающую оставаться в стороне от данного действия, и собирающую своих подчиненных, желая также добраться до заветных машин.
3. Арахну, также действующую только лишь для того, чтобы получить наследие Эйбола.
4. Кишина, который пока что не проявил себя, набирая силы для уничтожения Шинигами